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フローサイトメーターの染色体解析への応用により、高い精度での核型分析(Flow Karyotyping)が可能となりました。現在、Flow Karyotypingによる染色体異常解析や植物染色体の解析なども試みられています。 フローサイトメーターを用いることにより、染色体の解析/分取(Sorting)をより速く、人為的誤差を少なく行うことができます。 分取した細胞を用いてヒトやマウスの染色体特異的ライブラリーの作製、マッピング、あるは染色体導入実験等に用いられています。