これらハードウエアの技術革新は、モノクローナル抗体や溶血試薬、蛍光色素の技術革新と密接に関連がありました。ヒト赤血球計数から始まったフローサイトメトリーのアプリケーションは、装置と試薬の相乗効果で高度化し、現在は多枝に渡っております。

現在のフローサイトメーターは、例えば、自動サンプル調製装置で赤血球を破壊（自動溶血処理）した血液サンプルを、前方散乱光と側方散乱光を用いて、リンパ球、単球、顆粒球、血小板に容易に識別し、５種類のモノクローナル抗体を同時に用いて、１本の小型空冷レーザーで、リンパ球の5カラー解析を簡単に行うことができます。

下記に最近、フローサイトメーターをご導入いただいたお客様の研究分野を列挙いたしました。

造血幹細胞、白血病、MDR、MDS、細胞療法、遺伝子治療、サイトカイン、癌、情報伝達、再生医療、神経、分子生物、細胞生物、分子細胞、感染、免疫、アレルギー、ホルモン、高分子材料、腫瘍免疫、MHCテトラマー、siRNA、神経幹細胞、微生物、老化、アポトーシス、細胞周期（細胞動態）、疾患モデル、医薬探索、樹状細胞、残存白血球、プランクトン（海洋微生物）、SPセル、毒性、倍数体、 微少残存腫瘍、希少細胞検出、FRET、環境分析、BSE、など

短時間に多くの細胞を定量測定し分取することのできるフローサイトメトリーは、このようにいろいろな研究で多様な使われ方をしています。 さらに、臨床分野でも応用されています。（臨床分野におけるフローサイトメトリーの応用プレゼンテーション：PDFファイル 3.2MB）