3．ピンホール

S／N比、感度を向上させるには、ピンホールが重要な役目をします。
最初の集光レンズで細胞からの光を多く集光し、平行光線に変えます。2番目のレンズと3番目のレンズの間でピンホールを通し、室内の迷光等の細胞からの光以外の不要な光をブッロクします。3番目のレンズで再び平行光線に戻し、波長別に分離するためのフィルタブロックに送り出します。この共焦点方式により、迷光を除去し、S/N比、感度が向上します。また、光を平行光線にすることで、各検出器ごとのピンホールを調整する必要がなくなります。各光学フィルタに対して、垂直に照射されるので、光学フィルタの性能が十分に発揮されます。
複数のレーザービームを同時に異軸で用いるシステムは、ピンホールを複数有します。