断面が四方形の細長いクォーツ製の中空チャンバで、レーザー光を透過し、サンプル浮遊液中の細胞に、レーザー光を照射します。この方式をSense in Quartz方式と呼び、高感度で検出できるため、小型低出力空冷レーザー搭載の機種はすべてこの方式を採用しています。
サンプル浮遊液は、細長い金属チューブ(サンプルインサーションロッド)を介してシース流の中央に注入されます。フローセル中を、セルアナライザーは、気泡の影響を受けないように下から上に、セルソーターは細胞を分取するために、上から下に、サンプル浮遊液とシース液を流します。シース圧はコントロールされ、流れの向きがすべて同じ安定した液流、すなわち層流を形成します。サンプル圧により、シース液の流れの中央にサンプル浮遊液を注入します。その際にシース圧に比べてサンプル圧を少し低くかけることで、流体力学的絞り込みが行われ、細胞が一列に流れます。フローセル中におけるサンプル浮遊液とシース液の流れは層流を形成し、混じり合うことはありません。フローセル内部は入口からレーザー照射部にむけて、次第に幅が狭くなりレーザー照射部では四方形(内径250μmまたは430x180μm)になります。フローセル内で発する微弱な蛍光を測定するため、フローサイトメーターのクオーツキュベットフローセルは、集光レンズが取りつけられているタイプと、油浸を用いるタイプがあり、微弱な蛍光を効率良く集光し、検出器に導きます。
キュベットフローセル方式セルソーターの場合、レーザー照射部を通過した後、シース液とサンプルは、さらに絞り込まれ、流速を増し、直径100μmまたは70μmの円形ノズルから大気中に噴射され、落下して液滴になり、ソーティングされます。
フローセル(Jet in Air方式)
一般にJet in Air方式セルソーターに用いられます。シース液とサンプルは通常、直径100μmまたは70μmに絞り込まれ、高速の流れのまま円形ノズルから大気中に噴射されます。その直後に、レーザー光が液流に照射され、細胞からの散乱光や蛍光が検出されます。その後、流速が変わることなく液滴になり、ソーティングされます。Sense in Quartz方式と比べて、出力の大きなレーザーを必要とします。