フローサイトメトリーシステムは、一点に集められたレーザー光をフローセル中を通過する細胞に照射し、そこから生じる散乱光と、蛍光を同時に測定します。測定結果は、相関ヒストグラムとして示されます。これらのヒストグラムを解析することによりサンプルの特性を明らかにできます。そして、これらの特性に基づいて、2種類の細胞集団を同時に分取することができます。フローサイトメーターの測定原理は、以下の5つに分けることができます。

1. フロー系
   ラミナーシースフローを利用して細胞1個ずつの流れを作る。
2. 光学検出系
   流れの中心を流れる細胞へレーザー光照射し、発生した散乱光と蛍光の測定をする。
3. 電気パルス処理系
   電気パルスを各種の回路で数値化する。
4. データ処理系
   グラフを作成し、解析する。
5. ソーティング系
   目的細胞の分取をする。